Papa Pio IX dispose e finanziò, nell’ultimo decennio del suo pontificato, la ricostruzione dell’acquedotto dell’Acqua Marcia, che era stato danneggiato dai Goti nel VI secolo e da allora rimasto inutilizzato. La gestione del nuovo acquedotto fu affidata, nel 1868, alla società “Acqua Pia Antica Marcia SpA” (il cui marchio si può ancora rinvenire su alcune fontane e tombini), che rimase a lungo una delle principali fornitrici di approvvigionamento idrico della città.

La fontana consiste in un’ampia piscina circolare, con il bordo costituito da rocce da cui partiva un gran numero di zampilli d’acqua rivolti verso il centro e completata da cinque getti d’acqua verticali interni alla piscina, di cui, quello centrale posto molto più in alto rispetto agli altri. Papa Pio XI inaugurò la Fontana delle Naiadi il 10 settembre 1870, 10 giorni prima della Breccia di Porta Pia e della fine del suo regno temporale.