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La storia di Santa Cecilia è avvolta da fascino e mistero.
Papa Pasquale I cercava da lungo tempo i suoi resti senza alcuna fortuna. Il tentativo era di dare giusta sepoltura entro le mura urbane ad alcuni martiri della Cristianità. Le scorrerie saracene mettevano in grande pericolo i cimiteri extraurbani.
La leggenda vuole che una domenica mattina, mentre pregava in San Pietro, fu colto da sopore e si addormentò. Nel sonno la Santa gli apparse in sogno e lo pregò di non abbandonare la ricerca, indicandogli quindi la direzione per ritrovare le sue spoglie mortali.Fu così che Papa Pasquale I, poco dopo, ritrovò nel cimitero di San Callisto il corpo di Cecilia miracolosamente intatto, avvolto nella bianca veste trapunta d'oro, esattamente come lo aveva composto Papa Urbano I seicento anni prima.
Questo evento è in un affresco del XII secolo conservato nella Basilica di Santa Cecilia in Trastevere, restaurata dal Papa proprio per accogliere con onore i resti di Cecilia.
Trascorsero altri 800 anni circa quando una ricognizione nella chiesa, nel 1599 (alla quale erano presenti due grandi studiosi quali Cesare Baronio e Antonio Bosio) fu di nuovo rinvenuto il corpo di Santa Cecilia in perfetto stato di conservazione.
In occasione di questo miracoloso accadimento, il Cardinale Paolo Emilio Sfrondati, per tramandare ai posteri la vicenda accaduta, incaricò lo scultore Cesare Maderno di creare una scultura che raffigurasse la santa esattamente nella posizione in cui venne ritrovata. La statua fu ultimata nel 1601, due anni dopo e da allora è visibile nella Chiesa di Santa Cecilia in Trastevere.